L'ancien presbytère de Saint-Michel, érigé en 1740, se situe dans la seigneurie du même nom au moment de sa construction.
La seigneurie de Saint-Michel est concédée par l'intendant Jean Talon (1626-1694) le 29 octobre 1672 à Oliver Morel de La Durantaye (1640-1716). Son territoire, agrandi à deux reprises puis morcelé, fait à l'origine partie de la paroisse Notre-Dame de Québec. Le 30 octobre 1678, la paroisse correspondant à celle de Saint-Michel est érigée canoniquement. Elle est alors connue sous le nom de Saint-Laurent-de-La Durantaye, puis renommée Saint-Michel-de-La Durantaye en 1698.
Au tournant du XVIIIe siècle, la paroisse ne compte ni église ni presbytère, contrairement aux seigneuries voisines. Une première chapelle est construite en 1702. Dix ans plus tard, des paroissiens cèdent à la fabrique un terrain pour la construction d'une église et d'un presbytère, constituant ainsi la base du noyau paroissial de Saint-Michel. Une première église est construite en 1712 et 1713, puis une maison curiale en 1715.
En 1739, le presbytère est en mauvais état et le curé Joseph-Marie de La Corne de Chaptes (1714 1779) décide de le remplacer par le bâtiment actuel, ce qui est vraisemblablement exécuté l'année suivante.
En 1790, le curé François-Joseph Deguise (1759-1835) entreprend la réfection du presbytère. L'immeuble est agrandi afin d'y loger une salle des habitants pour les hommes et les femmes. Les travaux sont confiés au maître maçon de Québec Pierre Dupille (1732-1807). Cet agrandissement correspond à la section est du bâtiment, entre la deuxième et la troisième cheminée.
Le bâtiment est associé à certains événements d'importance survenus au XVIIIe siècle, puisqu'il aurait été occupé à l'été par les troupes britanniques lors de la guerre de la Conquête, puis à l'automne 1775 par des Canadiens rebelles, alliés des soldats américains.
Le presbytère est mis au goût du jour en 1853 et en 1854. L'immeuble de pierres à haute toiture à versants droits est modifié afin de lui donner l'apparence d'une maison néoclassique québécoise. La toiture est reconstruite, et un avant-toit retroussé est ajouté. Des lucarnes percent les versants. La maçonnerie de pierre est lambrissée de planches à feuillure. Les travaux sont réalisés par les menuisiers et charpentiers François Bélanger, François Roy, Joseph Lemieux et Paul Fradet, selon un devis très détaillé, mais non signé.
De nouvelles améliorations sont apportées au début des années 1920 selon les plans de l'architecte Pierre Lévesque. Un porche est notamment ajouté à l'entrée principale en 1922 et la toiture est couverte de tôle. Le presbytère acquiert alors son apparence actuelle à l'extérieur.
Le presbytère de Saint-Michel est vendu à la municipalité de Saint-Michel-de-Bellechasse en 2017. L'année suivante, la paroisse de Saint-Michel est fusionnée avec neuf autres afin de former la nouvelle paroisse de Saint-Benoit-de-Bellechasse.
L'ancien presbytère de Saint-Michel est classé immeuble patrimonial en 2022.