L'église de Saint-Étienne est située dans l'actuelle municipalité de Beaumont, issue des anciennes seigneuries de Beaumont et de Vincennes concédées en 1672. Une mission desservant ce territoire est créée dès 1692, et la paroisse est érigée canoniquement 22 ans plus tard. Un premier lieu de culte en bois est construit en 1694, mais il se détériore rapidement.
En 1721, l'intendant Michel Bégon de La Picardière (1667-1747) ordonne aux habitants de l'endroit de construire une nouvelle église. L'assemblée des paroissiens décide d'ériger un nouveau lieu de culte en pierre sur le même terrain. Les travaux débutent seulement en 1726. Les maçons Jean-Baptiste Maillou dit Desmoulins (1668-1753) et Jean-Baptiste Nado ainsi que les charpentiers Auguste et Joseph Couture participent aux travaux. Maillou, qui possède le titre honorifique d'architecte du roi depuis 1719, a vraisemblablement conçu l'église de Saint-Étienne.
La construction de l'église de Saint-Étienne avance lentement. L'archidiacre et vicaire général, Eustache Chartier de Lotbinière (1688-1749), doit même publier des ordonnances pour forcer l'avancement des travaux. Le bâtiment est finalement ouvert au culte en 1733, même si plusieurs éléments ne sont pas encore terminés. Ce n'est qu'en 1739 que la voûte est finalement achevée.
Vers 1773, l'évêque de Québec, Mgr Jean-Olivier Briand (1715-1794), recommande diverses modifications à l'aménagement du lieu de culte. Une sacristie est érigée dans le prolongement du choeur en 1778. La cloison qui formait la sacristie dans le choeur est alors supprimée et le maître-autel est adossé au fond du sanctuaire en 1780.
En 1809, les autorités de la paroisse décident d'entreprendre la décoration intérieure de l'église. Le sculpteur Étienne Bercier (1788-après 1861) décore la voûte en 1810. Il est engagé de nouveau l'année suivante pour faire un retable et un banc d'oeuvre. Il termine le travail en 1816 et, l'année suivante, il entreprend la réalisation de la chaire et de la corniche de la nef. Le décor intérieur, qui reprend l'esthétique de l'atelier des Écores dirigé par Louis Quévillon (1749-1823), est terminé au cours des années 1820.
En 1870, l'architecte Joseph-Ferdinand Peachy (1830-1903) est engagé pour dresser les plans d'un nouveau clocher, qui sera érigé par les entrepreneurs et menuisiers François Godin et Ferdinand de Varennes. La sacristie actuelle est construite en 1886. En 1894, une chapelle latérale est aménagée en perçant le mur nord, selon les plans de David Ouellet (1844-1915). La chaire et le banc d'oeuvre sont alors supprimés. Le décor intérieur est aussi mis au goût du jour par l'ajout d'un lambris sur la voûte et sur les murs de la nef, ce qui entraîne la disparition des pilastres flanquant les fenêtres de la nef.
En 1922, le clocher de l'église est arraché par le vent. Les autorités de la paroisse décident alors d'agrandir le bâtiment. L'architecte Lorenzo Auger (1879-1942) dresse les plans nécessaires pour allonger la nef de 15 pieds et reconstruire la façade et le clocher selon les connaissances de l'époque en matière d'architecture ancienne du Québec. La restauration du décor intérieur semble avoir été entreprise au même moment. En 1932, une nouvelle chaire et un nouveau banc d'oeuvre sculptés par Albert Mercier, toujours selon les plans d'Auger, sont ajoutés au décor intérieur.
L'église de Saint-Étienne, incluse depuis 1997 dans le site patrimonial cité par la municipalité, est classée en 2017. Au même moment, plusieurs objets patrimoniaux conservés dans le lieu de culte sont aussi classés.