Selon Robert Tessier, en 1899, on juge que la précédente école de rang no 3, situé sur le même site, est en trop mauvais état. En 1901, on procède la construction du bâtiment actuel pour un montant de 775 $.
Voici la notice de l'inventaire de la Société historique de Bellechasse 2010-2012 : C'est l'Oeuvre et Fabrique de la paroisse de Saint-Charles qui a procédé à la construction des différentes écoles de rang. Assez souvent, les terrains étaient donnés par un citoyen cultivateur, mais les coûts de construction et d'entretien devaient toujours être assumés par les contribuables de l'arrondissement.
Une première maison d'école aurait été érigée sur le site dès le milieu du 19e siècle. Des archives relatent le paiement de salaires à l'institutrice pour l'année scolaire 1863-1864. En 1869, l'enseignante est Mélanie Côté; elle reçoit un salaire de 92 $ l'an. Pour financer les services éducatifs, la taxe à percevoir est fixée à un centin dans le louis en 1878, sur toutes les évaluations de la paroisse; la rétribution mensuelle par enfant dans l'arrondissement desservi est fixée à 5 centins.
Le bâtiment s'avère l'une des huit structures de ce genre qui ont été édifiées dans les rangs Haut et Bas du Nord, Haut, Milieu et Bas du Sud, Hêtrière Est et Ouest et enfin, Tremblade et Prairies (cette dernière sera éventuellement cédée à la paroisse de Saint-Gabriel de La Durantaye, fondée en 1910). Ces bâtiments complétaient les infrastructures dédiées à l'enseignement qui existaient au coeur du village, soit l'école modèle des garçons (le collège) et l'école modèle des filles (le couvent).
En 1943, toutes les écoles de rang ont fait l'objet d'une donation à la Commission scolaire de St-Charles (désignée Municipalité scolaire de la paroisse de Saint-Charles de Bellechasse). L'église catholique ne se retirait pas pour autant du secteur de l'enseignement, comme en témoigne la présence de religieuses pendant plusieurs décennies à Saint-Charles.
C'est au printemps de 1963 que toutes les écoles de rang de Saint-Charles-de-Bellechasse furent fermées, suite à la construction d'une nouvelle structure centralisée au coeur du village, le « Centre éducatif ». Les maisons d'école furent alors vendues à l'encan à des particuliers, comme le présent bâtiment qui est vendu à Jean-Charles Labrecque pour un montant de 1250$.
En 2009, cette maison d'école a servi de scène pour le tournage d'un épisode de l'émission « La petite séduction », diffusé à la télévision de Radio-Canada le 29 juillet de la même année. On y a alors raconté l'histoire de la pendaison du meunier Joseph Nadeau qui habitait Saint-Charles en 1760, avec l'ancien tableau noir comme toile de fond!