Le premier cimetière de la paroisse de Sainte-Claire fut implanté en 1809, l'année de la construction de la chapelle et de la fondation de la municipalité. Il occupait l'espace compris entre l'église actuelle et la statue du Sacré-Coeur. Ce cimetière fut déménagé en 1829, deux ans après la construction de l'église, afin de créer la « Place de l'église »; relocalisé plus au sud, sa superficie fut alors doublée en raison de l'accroissement de la population. À partir de 1851, plusieurs dizaines de paroissiens furent inhumés sous l'église, dont deux curés de la paroisse, Damasse Gonthier (1878) et Wilbrod-Hilaire Couture (1903). Cette pratique fut abolie à l'occasion du décès du curé Joseph-Honoré Fréchette en 1939.
La partie ouest du cimetière a été à son tour déplacée vers le sud en 1853, dans le but de construire la nouvelle route du pont St-Pierre. En 1890, des travaux considérables d'agrandissement et de drainage furent effectués à l'initiative du curé Apollinaire Gingras. Une grande corvée a alors permis de transporter plus de 10 000 « banneaux » de terre, sable, gravier et écorces de cèdre. Par la suite, un charnier en pierre fut érigé. La même année, un premier plan de lotissement fut effectué par Jean-Évangéliste Cayouette, pour la nouvelle partie du cimetière. Deux autres agrandissements du cimetière furent nécessaires au cours du XXe siècle.
En 1970, monsieur J.-Albert Bouchard reçut le mandat de rédiger un règlement permettant la création de la Fondation du cimetière de Sainte-Claire. En 2008, la fabrique de Sainte-Claire a implanté un premier columbarium dans le cimetière.